财务报表分析一方面反映了企业经营的状况，另一方面为企业决策提供有力依据。但在实际工作中企业财务报表分析没有能够很好地发挥其作用，有时甚至给企业经营带来了负面影响。
企业财务报表分析存在的不足
（一）分析的滞后性
首先是信息的滞后，财务报表分析是以财务报表数据以及有关信息为基础，而财务报表以及相关数据本身就反映的是已发生事件，再加上有的企业，尤其是中小企业，在财务报表分析上不够及时，这样在时间上就具有滞后性。其次财务指标反映的内容具有滞后性，如在做营运能力分析时，有些指标来源于资产负债表，数据分析是用指标的平均值加以估算，这样指标所反映的最新变化容易被隐藏。最后编制的周期滞后，对于报表分析，企业一般重点都是对年报进行分析，但是年报生成一般都是在来年的4月份左右，这时企业再进行分析还需要一段时间，但这时有的信息，如银行借款甚至都发生了变化，这样影响了信息的可靠性。
（二）分析的局限性
现金流量表中，指标是反映经营活动中的现金流量，而不同企业或者企业的不同时期经营活动现金流量的差别很大，从而影响数据的可比性。另外在趋势分析法中，如果某一时期的经营状况出现拐点，将造成指标不具有可比性，影响企业决策的制定。再有比率分析中，流动比率反映偿还能力，资产周转率反映运营能力，营运利润反映获利能力，但是它们是对企业生产经营的单项反映，所以财务指标体系的整体结构不严密。还有不同企业或者同一企业的不同时期，财务政策或会计核算方法也不同，再加上多元化的市场经济下，也没有统一的标准，这些给财务报表分析都带来一定的局限性。最后许多企业在报表分析中，以财务信息为主，非财务信息一带而过，这样的财务分析是适应不了市场需求的。
（三）基础数据的可靠性差
由于各种因素，财务报表分析会带有人情色彩。如企业管理者会根据某种特定要求来调整数据或者指标的依据，再有对一些特殊时期的影响因素进行剔除，也会掺入人情色彩;另外一些数据来源于关联企业，也很可能受到关联交易的影响，还有多种会计核算方法的选择对财务数据分析也有影响，一些企业在选择存货的计价上有所不同，对财务信息也产生一定影响;最后一些企业对财务核算时，所采用的一些标准以及核算的程序不同，也就是说财务决策不同，也会直接影响信息的可靠性。
企业财务分析报表的作用
首先有利于企业对自身能力的分析，我们常说知己知彼百战不殆，所以必须做好对自己的分析。企业可以通过资产负债表来分析企业经济来源的分布和资本的结构以及自身偿还能力。通过对利润表的分析，企业可以掌握自身的获利能力，以此对企业的竞争能力做出判断。通过对现金流量表的分析，企业随时了解现金的流量与存量，掌握自身的经营实力。其次通过财务报表分析，企业可以进行合理避税，化解投资中所带来的风险。
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